Структура учебного заведения, кроме группы командования училища, включала отделы: политический, учебный, строевой, технический и кадров; учебные кафедры; тыловые подразделения, в том числе медицинскую службу и лазарет, автотранспортную службу, финансовую часть, коммунально-эксплуатационную часть, ателье пошива военного обмундирования; военный оркестр; клуб; редакцию и типографию газеты «Политработник флота»; два курсантских батальона, дивизион учебных катеров и роту обеспечения.
Организационно каждый курсантский батальон состоял из двух курсов, разделённых между собой двумя годами: первый и третий, второй и четвёртый. Каждый курс имел в своём составе по две роты курсантов. Каждая учебная рота состояла из четырёх классов. В один класс набиралось по 31 — 32 курсанта, которые разделялись на два отделения. В 1981 – 1984 гг. был проведён эксперимент по набору трёх рот на курс обучения. Набор в классы тогда также был увеличен до 37 – 38 человек. При этом количество батальонов оставалось прежним. Структура учебного батальона включала должности командира батальона, его заместителя по политической части и секретаря партийного комитета. С развалом СССР последняя должность исчезла. Структура учебной роты включала должности командира роты и двух командиров взводов (в подчинении каждого из них находилось по два класса). С конца 80-х годов в учебных ротах добавились должности: офицерская замполита роты и мичманская – старшины роты. В учебных ротах из числа курсантов назначались старшины рот, старшины классов и по два командира отделения в каждом классе.
